Regenwatertoilet heeft weinig onderhoud nodig. De filter aan de ingang moet na twee maanden worden schoongemaakt. De uitgaande filter moet eens per jaar worden schoongemaakt. Dit is zeer eenvoudig. De filter kan met de hand worden open gedraaid. De filter kan dan worden schoongemaakt met een flessenborstel. De vierkante opening moet ook eens per jaar worden gecontroleerd op verstoppingen en moeten worden schoongemaakt .

Als het systeem niet gemakkelijk met da hand kan worden schoon gemaakt is er een elektrische optie. deze reinigt de filter automatisch met een interval van een maand. Dan kan het systeem een maal per jaar worden gecontroleerd. De vierkante opening en de uitgaande filter moeten ook eens per jaar worden gecontroleerd op verstoppingen. U kunt dan contact op nemen met het bedrijf wat uw systeem geïnstalleerd heeft voor een servicecontract.